Aturan atau pedoman baru tentu memiliki banyak hal yang dianggap janggal karena belum berterima. Suku kata yang biasanya ditulis ‘tha’ atau ‘dha’ misalnya, berubah menjadi ‘ṭa’ dan ‘ḍa’. Memang dibutuhkan usaha lebih untuk menulis dan mengingat-ingat. Namun dengan transliterasi seperti ini, kelak tak akan ada lagi kebingungan dan kesalahan, misalnya, pada penulisan kata ‘kutuk’ padahal yang dimaksud adalah ‘kuṭuk’.

Keuntungan lainnya adalah sistem JGST mempermudah proses pengubahan aksara Jawa ke aksara Latin dan sebaliknya. Karena tiap aksara memiliki wakil dalam huruf Latin, teknologi yang dibutuhkan hanyalah pemetaan masing-masing huruf yang dapat dibaca mesin.  Ini berbeda dari era sebelumnya saat pemrograman pengubahan aksara Jawa ke aksara Latin harus menghitung terlebih dahulu sekian huruf sebelum dan sesudah karakter. 

Sebagai contoh, ketika mesin bertemu dengan huruf ‘ḍ’, maka tinggal diubah menjadi ‘ꦣ’, ini lebih mudah dibandingkan ketika bertemu dengan huruf ‘dh’. Mesin melihat terlebih dahulu, setelah bertemu dengan huruf ‘d’ apakah diikuti dengan huruf ‘h’ atau tidak, jika tidak maka diubah menjadi ‘ꦢ’. Namun jika ada ‘h’ setelahnya berarti diubah ke ‘ꦣ’. Secara pemrograman, ada banyak iterasi yang bisa diringkas. Penyederhanaan iterasi ini juga terjadi pada kasus sebaliknya, mengubah aksara Jawa ke huruf latin.